Події відбуваються поміж першою та другою частинами оригінальної гри Dead Space. Після вибуху космічного корабля USG Ishimura, земля надсилає корабель USG O'Bannon для розслідування, але контакт із ними також втрачається....

У паралельному всесвіті, де усім керує магія, детектив Шон Нолт розслідує серію загадкових вбивств, здійснених за допомогою неймовірного для цього світу явища – науки. У пошуках розгадки, Шон виходить на групу так званих «прагматиків», впевнених, що наука – це не просто дитячі казки, і дізнається про існування іншого виміру... За мотивами коміксів "Парадокс" Крістуса Ґейджа

Під час пошуків стародавнього пристрою, здатного знищити Орай, команда ЗВ-1 дізналася про те, що в галактиці Орай повним ходом іде створення величезного флоту потужних кораблів, які скоро повинні відправитися через суперворота в галактику "Чумацький шлях", щоб назавжди покінчити з Землею. У цей час Доктор Джексон знайшов інформацію, яка вказує на те, що зброя «Ковчег Правди», знаходиться в рідній галактиці Орай, і саме туди ЗВ-1 відправляється на Одіссеї. Однак в М.Н.К. свої плани на цю війну і ЗВ-1 у них не входить, а це значить, що під час пошуку зброї команді належить боротися відразу з двома могутніми ворогами.

Поки команда SG-1 намагається знищити Баала, останнього лорда гуаулдів, Тіл'К і Вала загадково зникають. Картер, Деніел і Мітчел відправляються на Землю, де попадають у змінену реальність. Згодом вони розуміють, що був порушений часовий континуум і в цьому світі програми з дослідження зоряної брами ніколи не існувало. Герої намагаються донести свої непрості думки до влади, але на орбіту прибувають крейсери гуаулдів на чолі з Баалом, королевою Кетеш та першим воїном Тіл'Ком. Команді SG-1 необхідно знайти зоряну браму і відновити правильний хід подій до того, як світ буде поневолений загарбниками.